Das Projekt Naturparkschule ist so konzipiert, dass es zahlreiche externe Kooperationspartner der außerschulischen Umweltbildung mit einbezieht.
Der Naturpark Spessart arbeitet auf zahlreichen Ebenen mit Kommunen, Landkreisen und der Regierung von Unterfranken zusammen und kooperiert mit zahlreichen Organisationen für eine nachhaltige Entwicklung der Region Spessart.
Der Verband Deutscher Naturparke (VDN) als Dachverband der Naturparke in Deutschland unterstützte das Modellprojekt in der Konzeptionierung und der Entwicklung der Zertifizierungskriterien und wird an der Qualitätsentwicklung beteiligt.
Starke Partner der Naturparkschule stellen auch der Bund Naturschutz in Bayern und der Landesbund für Vogelschutz (LBV) in Bayern dar, die durch jahrelange Umweltbildungsarbeit Erfahrung und Kompetenz mit in das Projekt bringen.
Als weiterer Kooperationspartner konnte das Amt für Ernährung, Landwirtschaft und Forsten in Karlstadt gewonnen werden, welches in der waldpädagogischen Bildungsarbeit und der Nachhaltigkeitsbildung im Spessart tätig ist.
Mit den zertifizierten Natur- und Landschaftsführern Spessart besteht ein kompetentes, bereits bestehendes Netzwerk, welches das Projekt Naturparkschule unterstützt. Als ausgebildeter Umweltpädagoge unterstützt der Geschäftsführer des Landschaftspflegeverbandes Main-Spessart das Projekt und bringt pädagogische Ansätze der Nachhaltigkeitsbildung ein.